Protein Molekylvekt Kalkulator

Kategori: Biologi
- september 26, 2025
| |
0
Gyldig

Den molekylære vekten av et protein beregnes ved å bruke summen av de gjennomsnittlige isotopiske massene til dets aminosyrerester:

\[ MW = \sum (n_i \times MW_i) - (n_{peptide} \times MW_{H_2O}) \]

Hvor:

  • \(n_i\) = Antall av hver aminosyre i sekvensen
  • \(MW_i\) = Molekylvekt for hver aminosyre
  • \(n_{peptide}\) = Totalt antall peptidbindinger
  • \(MW_{H_2O}\) = Molekylvekt for et vannmolekyl (18,02 Da)

Hva er Protein Molecular Weight Calculator?

Protein Molecular Weight Calculator hjelper med å bestemme den molekylære vekten av et protein basert på dets aminosyresekvens eller -sammensetning. Den beregner også tilleggsegenskaper som teoretisk isoelektrisk punkt (pI), ekstinksjonskoeffisient, hydrofobisitet (GRAVY-score) og netto ladning ved pH 7.

Hvordan bruke kalkulatoren

Kalkulatoren tilbyr flere måter å legge inn proteindata på:

  • Sekvensmetode: Skriv inn proteinsekvensen ved hjelp av én-bokstavs aminosyrekoder.
  • Sammensetningsmetode: Legg manuelt inn antallet av hver aminosyre.
  • Avanserte alternativer: Bruk modifikasjoner som acetylering, disulfidbindinger eller terminale modifikasjoner.

Nøkkelfunksjoner

  • Beregner molekylvekt i både Dalton (Da) og kilodalton (kDa).
  • Bestemmer teoretisk pI basert på aminosyrenes pKa-verdier.
  • Beregner ekstinksjonskoeffisient for UV-absorpsjon ved 280 nm.
  • Estimerer hydrofobisitet ved bruk av GRAVY-score.
  • Tar hensyn til tilpassede modifikasjoner som fosforylering, metylering og amidisering.

Hvorfor er proteinets molekylvekt viktig?

Å kjenne til den molekylære vekten av et protein er avgjørende for:

  • Elektroforeseanalyse (SDS-PAGE, Western blotting).
  • Identifikasjon med massespektrometri.
  • Proteinrensing og kromatografi.
  • Strukturelle og funksjonelle studier.

Ofte stilte spørsmål

Hvordan beregnes det teoretiske pI?

Det isoelektriske punktet (pI) er pH-verdien der proteinet har ingen netto ladning. Det beregnes ved hjelp av Henderson-Hasselbalch-ligningen:

\[ pI = \frac{pKa_{pos} + pKa_{neg}}{2} \]

Hva er ekstinksjonskoeffisienten?

Ekstinksjonskoeffisienten beregnes ved hjelp av antall tryptofan (W), tyrosin (Y) og cystin (C) rester:

\[ \varepsilon = (n_W \times 5500) + (n_Y \times 1490) + (n_C \times 125) \]

Hvordan håndterer kalkulatoren modifikasjoner?

Kalkulatoren lar deg bruke ulike post-translasjonelle modifikasjoner, som legges til eller trekkes fra proteinets molekylvekt.

Hva er GRAVY-score?

Grand Average of Hydropathy (GRAVY)-scoren er et mål på proteinets hydrofobisitet. Den beregnes som:

\[ GRAVY = \frac{\sum (Hydropathy_{AA} \times n_{AA})}{Total\ Amino\ Acids} \]

Hvorfor er vannmolekylet inkludert i beregningen?

Hver peptidbinding som dannes resulterer i tap av ett vannmolekyl, så den totale massen justeres deretter.

Konklusjon

Protein Molecular Weight Calculator er et verdifullt verktøy for forskere og studenter innen biokjemi og molekylærbiologi. Enten du analyserer proteinstruktur, utfører eksperimenter eller tolker resultater, gir dette verktøyet essensielle molekylære egenskaper raskt og nøyaktig.